A运输公司为营改增试点企业，属于增值税一般纳税人，2012年9月取得全部收入500万元，其中，国内客运收入400万元，支付给试点联运企业运费100万元并取得运费…

A运输公司为营改增试点企业，属于增值税一般纳税人，2012年9月取得全部收入500万元，其中，国内客运收入400万元，支付给试点联运企业运费100万元并取得运费专用发票，销售货物取得货款12万元，运送该批货物取得运输收入3万元。假设不考虑其他因素。要求：根据上述资料回答以下第（1）～（3）题。